Diverse specie di piante che presentano le medesime esigenze ecologiche e condividono uno stesso tipo di habitat, formano dei popolamenti vegetali chiaramente distinguibili gli uni dagli altri. La vegetazione del Pian di Spagna è strettamente correlata alla presenza delle acque sia lentiche, sia lotiche: le prime sono quelle ferme o leggermente increspate dei laghi, le seconde sono quelle rapide e turbolente dei fiumi. In entrambi i tipi di ambiente e durante le esondazioni che rendono il terreno saturo d’acqua, le varie componenti vegetali sopravvivono grazie ad adattamenti specifici che consentono di tollerare periodi di prolungata immersione e anossia dell’apparato radicale.
Alcune delle specie floristiche caratteristiche delle acque libere vivono ancorate al fondale, formando estese praterie sommerse e ondeggiando nelle colonna d’acqua grazie all’elasticità dei tessuti che compongono il fusto, fra le più note vi sono Potamogeton e Helodea canadensis.
Altre, invece, galleggiano sulla superficie dell’acqua e presentano foglie a lamina espansa: le più conosciute sono sicuramente la ninfea bianca (Nymphaea alba) e il nannufaro (Nuphar lutea) che in primavera ornano l’intero corso di alcuni canali a lento scorrimento.
Il tipo di vegetazione caratteristico che si incontra passando dalle acque alle rive del Lago di Mezzola è, senza dubbio, il canneto. Esso è costituito quasi interamente da Phragmites australis, meglio conosciuta come ‘cannuccia di palude’: essa forma dei popolamenti molto fitti, in particolare lungo le sponde meridionali del Lago e spesso la si trova accompagnata da Typha latifolia, Typha angustifolia, Rorippa amphibia e Myosotis scorpioides. L’importanza del canneto è dovuta principalmente al ruolo di rifugio e habitat idoneo all’avifauna selvatica durante il periodo riproduttivo, oltre all’azione di progressivo interramento del corpo idrico in seguito all’avanzamento della copertura vegetazionale. Le specie floristiche più comuni che si possono trovare lungo i canali e i fossi sono Filipendula ulmaria, Stachys palustris, Calystegia sepium, Juncus effusus, Iris pseudacorus e Alisma plantago-aquatica.
Procedendo dalle zone a canneto verso l’interno si rinvengono praterie igrofile principalmente costituite da specie del genere Carex, che assumono una diversa densità e conformazione in relazione alla durata e alla frequenza dei periodi di immersione; dai cespi rigogliosi e isolati fra loro costituiti da Carex elata, tipica delle aree in cui il ristagno idrico è molto frequente e abbondante, si passa ai prati meno lungamente sommersi, più omogenei e compatti, caratterizzati da Carex vesicaria, Carex acutiformis, Carex hirta e Carex distans.
I cariceti sono spesso ricchi di altre specie tendenzialmente igrofile, quali Caltha palustris, Galium palustre, Eleocharis palustris e Lysimachia vulgaris, mentre alcune fra le specie che si rinvengono nei prati più interni, talvolta tenuti a sfalcio sono Molinia coerulea, Ranunculus acris, Poa palustris, Agrostis stolonifera, Lychnis flos-cuculi ed Equisetum palustre.
La componente arborea ed arbustiva della vegetazione del Pian di Spagna è nettamente inferiore rispetto a quella erbacea, soprattutto a causa della conversione della maggior parte delle terre emerse a coltivi e pascoli. La vegetazione potenziale, oggi rappresentata da pochi esemplari sparsi qua e là e da boschi di limitata estensione, è costituita da specie arboree igrofile come Salix purpurea, Salix eleagnos, Salix alba, Alnus incana, Alnus glutinosa, Fraxinus excelsior e da specie arbustive fruttifere come Frangula alnus, Viburnum opulus, Sambucus nigra, Prunus spinosa, Euonymus europaeus, Cornus sanguinea e Rubus caesius, importanti per il sostentamento dei Passeriformi durante l’autunno. La farnia (Quercus robur), tipica quercia di pianura, trova un’espressione limitata rispetto all’espansione potenziale di queste latitudini ed è relegata, con individui per lo più isolati o piccoli boschi, sui suoli asciutti e profondi.
L’agricoltura, nel corso dei secoli, ha modificato profondamente la copertura arborea ed erbacea del Pian di Spagna e attualmente le tipologie di coltivi sono essenzialmente il mais, il prato stabile, la patata, l’erba medica e gli estesi pascoli per bovini ed equini.

Fauna

La Riserva è popolata da numerosissimi Invertebrati: farfalle dalle tinte sgargianti come la Podalirio, scattanti e variopinte libellule, vespe, calabroni e una miriade di Insetti acquatici.
Sulla superficie del lago e degli stagni pattinano agilmente gli Emitteri Gerridi, sotto la superficie dell’acqua, con altrettanta agilità si muovono le Notonette, i Ditischi e l’Idrometra. Per sfuggire ai voraci predatori del mondo sommerso, molti Invertebrati adulti o allo stadio larvale sfruttano la vegetazione acquatica per nascondersi; altri invece, i Tricotteri (conosciuti come ‘portasassi’ o ‘portalegna’), si costruiscono, allo stadio di larva, un fodero di forma pressochè cilindrica, assemblando pezzettini di legna, conchiglie e sassi dell’ambiente circostante: una volta nascosti lì dentro, sono totalmente invisibili alle potenziali prede che, ignare, passano davanti all’apertura del fodero del Tricottero e ne subiscono l’agguato.
Le presenze ittiche tipiche sono: trota fario, trota iridea, agone, lavarello, alborella, carpa, cavedano, vairone, pigo, trotto, scardola, tinca, bottatrice, anguilla, luccio, persico; molti di questi rientrano nel ricettario tipico della cucina del lago.
Tra i Crostacei, il gambero di fiume, tanto prezioso perché indicatore ecologico di buona qualità delle acque, sopravvive nascosto sotto i sassi e il fango di alcune rogge che confluiscono nel Pozzo di Riva. Tra gli anfibi vanno segnalati la Rana verde minore, la Raganella, il Tritone punteggiato e il Tritone crestato e il Rospo comune, mentre fra i rettili la Lucertola muraiola, il Ramarro, la Natrice dal collare, il Biacco e l’Orbettino.
La Riserva Naturale Pian di Spagna e Lago di Mezzola, come visto precedentemente, è caratterizzata da vari ambienti: laghi, fiumi, torrenti, canali colatori, canaletti, stagni e pozzanghere, spiagge, aree urbane, zone coltivate attivamente (prato stabile, mais) zone poco coltivate (cariceti), zone di canneto qualche bosco o boschetto, filari, siepi e incolti.
In ognuno di questi ambienti si possono osservare degli uccelli di specie spesso molto diverse.
Sui laghi si possono osservare generalmente varie specie di Anatre tuffatrici (Moretta, Moriglione, Moretta Tabaccata, Quattrocchi) oppure Anatre di superficie (Germano reale, Alzavola, Marzaiola, Fischione), Cigni, Rallidi (Folaga), qualche rara anatra di mare (Orco Marino), Svassi, Strolaghe, Cormorani, Smerghi, Gabbiani e Mignattini; sui fiumi è facile osservare Anatre di superficie e tuffatrici, Cigni, Folaghe, Svassi, Cormorani, Gabbiani e Mignattini.
Sui torrenti sono comuni il Merlo acquaiolo, il Martin Pescatore e la Ballerina gialla, mentre sui canali colatori si osservano Anatre di Superfice, Rallidi (Folaga, Gallinella d’ acqua, Voltolino, Porciglione, Schiribilla) e qualche Limicolo come il Piro Piro piccolo, Piro Piro culbianco, Piro Piro boschereccio, Beccaccino, Aironi, Tarabuso, Ballerina bianca, Ballerina gialla, Svasso maggiore e Tuffetto); nei canaletti si trovano Airone Cenerino, Beccaccino e Ballerine.
Le spiagge sono frequentate da Limicoli, Charadridae (Beccaccini, Corrieri, Pivieri) e Scolopacidae (Chiurli, Pittime, Pavoncelle, Piro Piro), Gabbiani e Cormorani.
I canneti sono l’habitat idoneo per Rallidi, Tarabusi, qualche rapace, Migliarini, Cinciarelle, Storni, Pendolini, Rondini, Topini e Anatre di superficie.
Filari e siepi  offrono cibo ad Averle, Tordi, Fringuelli, Cornacchie, Cince, Picchi e Capinere.
Purtroppo il territorio, pur essendo esteso su 1586 ettari, non è sufficientemente vasto e tranquillo per favorire una nidificazione significativa di specie di particolare pregio, ad esempio Limicoli, Anatidi, Ardeidi o Rapaci. Tuttavia, si può confermare la nidificazione certa di almeno una coppia di Airone rosso, Re di Quaglie, Salciaiola, Bigia Padovana, Rigogolo, Upupa, Gufo comune, Cutrettola, Tarabusino e Voltolino.
Il Pian di Spagna è un area tra le più importanti in Italia ed in Europa per lo svernamento di centinaia di anatre osservabili sul lago di Mezzola, sul Mera e sul fronte nord del lago di Como.
Il primario e indiscutibile ruolo dell’area protetta, tuttavia, è quello di consentire a migliaia di uccelli di riposarsi e nutrirsi durante la migrazione sia primaverile che autunnale. Accade frequentemente che, nei mesi di marzo ed aprile, sulle Alpi, si creino condizioni meteorologiche avverse con venti, nebbie, piogge o nevicate e ciò costringe i migratori a fermarsi sulle pianure sottostanti, in attesa del bel tempo. Si possono notare, proprio in questi periodi, numerosissimi uccelli di varie specie che, già stanchi per aver superato in alcuni casi il deserto del Sahara e il mar Mediterraneo, aspettano di poter valicare le Alpi per raggiungere, finalmente, le loro aree di nidificazione. Viceversa in autunno, dopo aver superato l’arco alpino, molti uccelli stanchi ed affamati scendono sul Pian di Spagna per riprendersi e recuperare le energie spese.
Non tutti gli uccelli migrano: i Picchi e le Cince, ad esempio, compiono brevi spostamenti, il Sordone scende dalle zone montane alle quote più basse della valle, il Merlo acquaiolo scende lungo il corso d’acqua con il progressivo avanzamento del gelo. Alcuni uccelli compiono migrazione a medio raggio, come i Tordi ed i Fringuelli, che pur raggiungendo il Continente africano non scendono mai al di sotto del Sahara, altri invece compiono migrazioni lunghissime, di 8000-9000 km, ad esempio le Cicogne, le Rondini, i Culbianchi e i Luì-grosso. Le pareti montuose che circondano la Riserva ospitano alcuni rapaci, quali: Nibbio bruno, Barbagianni, Gufo reale, Allocco, Astore e Poiana.
Il contingente di mammiferi è abbastanza cospicuo, fra gli animali più comunemente osservabili troviamo il Tasso, la Faina, la Lepre, la Volpe e numerosissimi micromammiferi; i Cervi e più raramente i Caprioli, scesi dalle pendici montuose circostanti occupano ormai da anni il Pian di Spagna e si muovono al suo interno in piccoli branchi, spesso arrecando danni alle coltivazioni. La Lontra, splendida abitatrice dei fiumi fino a qualche decennio fa, ora è totalmente scomparsa.